Agrément CIR-CII — prestataires de recherche et d'innovation

Organismes de recherche privés — sociétés de R&D, bureaux d'études, laboratoires, start-up deeptech, sociétés d'ingénierie —, experts scientifiques ou techniques exerçant à titre individuel, bureaux de style et stylistes pour le crédit d'impôt collection, et, depuis le 1er janvier 2022, les organismes de recherche publics et assimilés qui réalisent des travaux pour le compte d'entreprises.

Ce que couvre ce dispositif

• C.1Un agrément qui ne rapporte rien au prestataire lui-même : il n'ouvre aucun crédit d'impôt à celui qui l'obtient. Il sert exclusivement à ses clients, qui peuvent alors inclure les factures de recherche sous-traitée dans l'assiette de leur propre crédit d'impôt recherche.
• C.2Deux agréments distincts pour deux dispositifs : l'agrément au titre du crédit d'impôt recherche (CIR), instruit par le ministère chargé de la recherche, et l'agrément au titre du crédit d'impôt innovation (CII), qui vise la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux réalisée pour des PME. La téléprocédure CII autonome s'adresse aux entreprises qui ne détiennent pas déjà un agrément CIR en cours de validité.
• C.3Une durée qui dépend de l'ancienneté et de l'activité : trois ans en principe pour le CIR, ramenée à un an lorsque l'organisme ou l'expert n'a réalisé aucune opération de recherche dans les douze mois précédant la demande, et pouvant atteindre cinq ans pour les organismes agréés sans interruption depuis longtemps. L'agrément délivré au seul titre du CII couvre cinq années.
• C.4Une liste publique : le ministère publie et met à jour la liste des organismes, experts, bureaux de style et stylistes agréés, diffusée en données ouvertes. Les donneurs d'ordre la consultent avant de contractualiser — figurer sur cette liste est un argument commercial vérifiable.
• C.5Des plafonds côté donneur d'ordre : les dépenses confiées à des tiers ne sont retenues dans l'assiette du CIR que dans une limite annuelle globale de dix millions d'euros, ramenée à deux millions d'euros lorsqu'il existe un lien de dépendance entre l'entreprise et son prestataire. Un plafond spécifique, plus élevé, s'applique aux travaux confiés à des organismes publics et assimilés.
• C.6Ce que l'agrément ne garantit pas : il atteste des moyens humains et matériels du prestataire, pas de l'éligibilité de chaque projet. L'administration fiscale peut remettre en cause le crédit d'impôt du donneur d'ordre si les travaux facturés ne relèvent pas de la recherche et développement au sens fiscal, agrément ou pas.

Le lien avec Qualiopi

L'agrément CIR-CII est un agrément fiscal, sans aucun rapport avec Qualiopi : il porte sur une capacité de recherche, pas sur la qualité d'une prestation de formation. La confusion la plus coûteuse consiste à croire qu'une action de formation ouvre droit au crédit d'impôt recherche — ce n'est pas le cas, les dépenses de formation ne sont pas des dépenses de recherche. Le pont existe pour les structures qui exercent les deux métiers : un centre de R&D privé qui vend aussi de la formation continue à ses clients industriels aura besoin de l'agrément pour ses prestations d'étude et de la certification Qualiopi pour rendre ses formations finançables par les fonds publics et mutualisés. Deux démarches, deux autorités, deux calendriers : aucune ne dispense de l'autre.

Les démarches, résumées

1. 1.Vérifier que l'activité relève bien de la recherche et développement au sens fiscal — nouveauté, incertitude scientifique ou technique, démarche expérimentale au sens des critères du manuel de Frascati de l'OCDE — et non de la prestation d'ingénierie courante, de l'adaptation à un cahier des charges ou de la production.
2. 2.Choisir le bon agrément : au titre du CIR auprès du ministère chargé de la recherche pour des travaux de R&D ; au titre du CII seul, auprès du ministère chargé de l'industrie, lorsque l'entreprise conçoit des prototypes ou installations pilotes de produits nouveaux pour des PME et ne détient pas déjà un agrément CIR en cours de validité.
3. 3.Constituer le dossier : présentation de la structure et de son activité, moyens humains affectés à la recherche (effectifs, diplômes, qualifications, curriculum vitae), moyens matériels et locaux dédiés, description détaillée d'opérations de recherche représentatives, et éléments de valorisation lorsqu'ils existent — publications, brevets, collaborations académiques.
4. 4.Déposer la demande en ligne dans la fenêtre de campagne. Pour le CIR, la première demande se dépose entre le 1er janvier et le 31 mars de l'année demandée, et le renouvellement entre le 15 août et le 30 novembre de la dernière année couverte. Pour l'agrément CII autonome, la date de référence est le 30 septembre. Hors fenêtre, l'agrément ne produit ses effets qu'à compter de l'année suivante.
5. 5.Répondre aux demandes de compléments de l'expert chargé de l'instruction : le dossier est examiné sur le fond, par un scientifique du domaine, et la décision est prise par le ministre. Compter plusieurs mois entre le dépôt et la notification.
6. 6.Surveiller la date d'échéance et déposer le renouvellement dans sa fenêtre : une rupture de couverture, même de quelques semaines, prive les clients du bénéfice du crédit d'impôt pour les travaux réalisés pendant l'interruption. C'est l'erreur la plus fréquente, et la plus difficile à rattraper.