Agrément CIR ou agrément CII : lequel demander, et faut-il les deux ?

« Nous faisons de l’innovation, donc nous demandons l’agrément CII. » La phrase paraît logique et elle est souvent fausse. Les deux agréments ne se choisissent pas selon la façon dont une entreprise se décrit, mais selon la nature exacte des travaux qu’elle réalise pour ses clients et selon le dispositif fiscal que ces clients déclarent. Voici la carte, et la règle de décision.

Deux dispositifs fiscaux, deux logiques

Le point de départ n’est pas l’agrément, c’est le crédit d’impôt que votre client va déclarer.

Le crédit d’impôt recherche (CIR), défini à l’article 244 quater B du code général des impôts, couvre la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Son critère central est l’incertitude : au démarrage des travaux, l’état de l’art ne permet pas de savoir si le résultat est atteignable, ni par quelle voie. Le taux est de 30 % des dépenses éligibles jusqu’à cent millions d’euros, 5 % au-delà, avec un taux majoré dans les départements d’outre-mer. Il est ouvert aux entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel, sans condition de taille.

Le crédit d’impôt innovation (CII) est plus étroit à tous les égards. Il est réservé aux PME au sens européen et porte sur les dépenses de conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux. Le mot important est « nouveaux » : le produit doit se distinguer de ce qui existe sur le marché par des performances supérieures — techniques, d’écoconception, d’ergonomie ou de fonctionnalités. Aucun verrou scientifique n’est exigé. Depuis le 1er janvier 2025, son taux est de 20 % en métropole, avec un plafond de dépenses de 400 000 euros par an, soit un crédit maximal de 80 000 euros ; des taux majorés s’appliquent en outre-mer et en Corse. Le dispositif s’applique aux dépenses engagées jusqu’au 31 décembre 2027.

Retenez la frontière : le CIR interroge ce que l’on ne sait pas faire, le CII ce que le marché ne propose pas encore.

Ce que cela change pour l’agrément du prestataire

Dans les deux cas, un client ne peut valoriser une facture de sous-traitance que si le prestataire est agréé. Mais l’agrément ne se demande pas au même endroit.

	Agrément au titre du CIR	Agrément au titre du CII seul
Autorité	Ministère chargé de la recherche	Ministère chargé de l’industrie, via la direction générale des entreprises
Objet examiné	Capacité à conduire des travaux de recherche	Capacité à concevoir des prototypes ou installations pilotes de produits nouveaux
Clients concernés	Toutes entreprises éligibles au CIR	PME uniquement
Fenêtre de dépôt	1er janvier – 31 mars pour une première demande ; 15 août – 30 novembre pour un renouvellement	Date de référence : 30 septembre
Durée	Trois ans en principe ; un an sans opération de recherche dans les douze mois précédents ; jusqu’à cinq ans pour les agréés de longue date	Cinq ans

La règle d’articulation est simple et fait gagner beaucoup de temps : une entreprise déjà titulaire d’un agrément CIR en cours de validité n’a pas à demander un agrément CII distinct. La téléprocédure autonome de demande d’agrément CII s’adresse expressément aux entreprises qui n’en détiennent pas. Autrement dit, l’agrément CIR est le plus exigeant et le plus couvrant : quand il est atteignable, il règle les deux sujets.

La règle de décision, en quatre questions

1. Vos travaux comportent-ils une incertitude scientifique ou technique réelle ? Reprenez trois opérations récentes et écrivez, pour chacune, l’état de l’art de départ et le verrou rencontré. Si l’exercice tient debout, visez l’agrément CIR.
2. Vos clients sont-ils exclusivement des PME, et vos livrables des prototypes de produits nouveaux ? Si oui, et si l’exercice précédent ne tient pas, l’agrément CII seul est la bonne porte.
3. Détenez-vous déjà un agrément CIR valide ? Alors ne déposez rien de plus : vos clients PME peuvent valoriser leurs dépenses de CII.
4. À quelle date sommes-nous ? C’est trivial et pourtant décisif. Un dossier CIR déposé le 15 avril ne produira d’effet qu’à compter de l’année suivante. Un dossier CII déposé le 15 octobre, de même. Notre article sur le calendrier de l’agrément détaille les deux campagnes.

Un cas particulier mérite d’être signalé : les bureaux de style et stylistes relèvent d’une procédure distincte, celle du crédit d’impôt collection, réservé aux entreprises du secteur textile-habillement-cuir. Le ministère les fait d’ailleurs figurer dans une catégorie séparée de la liste publique des agréés.

Ce que la recherche académique dit de l’effet de ces incitations

La question « ces dispositifs marchent-ils ? » n’est pas rhétorique pour un prestataire : elle détermine la stabilité de son marché. Antoine Dechezleprêtre, Elias Einiö, Ralf Martin, Kieu-Trang Nguyen et John Van Reenen ont publié en 2023 dans l’American Economic Journal: Economic Policy une évaluation causale des incitations fiscales à la R&D, construite sur un changement de seuil d’éligibilité et une méthode de régression sur discontinuité appliquée à des données administratives. Ils y mettent en évidence un effet significatif et persistant de l’allègement fiscal sur le brevetage et la dépense de R&D, ainsi que des retombées sur l’innovation d’entreprises technologiquement proches.

L’enseignement pratique n’est pas de plaider pour le dispositif, mais de comprendre pourquoi les États tiennent à la traçabilité des acteurs : l’effet mesuré passe précisément par le fait que la dépense est réelle et réalisée par des équipes capables. L’agrément est le maillon administratif de cette exigence.

Trois erreurs de cadrage qui coûtent une année

Se déclarer « innovant » sans regarder qui sont ses clients. Si vos donneurs d’ordre sont des ETI ou des grands groupes, le crédit d’impôt innovation ne les concerne pas : ils déclarent du CIR. Un agrément CII seul ne leur sert à rien.

Confondre difficulté et incertitude. Un développement long, coûteux et techniquement exigeant peut ne comporter aucune incertitude au sens fiscal, si la solution était connue et qu’il ne restait qu’à l’appliquer. C’est le motif de refus le plus fréquent sur les dossiers CIR — et une raison légitime de se tourner vers le CII quand l’activité relève réellement du prototypage.

Attendre la demande d’un client pour déposer. Entre la fenêtre de dépôt et l’instruction au fond par un expert scientifique, plusieurs mois s’écoulent. Un prospect qui réclame un agrément en septembre pour signer en novembre ne pourra pas être satisfait dans l’année si rien n’a été déposé au premier trimestre. Notre article sur le mécanisme de la sous-traitance de R&D explique ce que cela coûte en affaires perdues.

Et si votre activité relève des deux ?

C’est fréquent chez les sociétés d’ingénierie : une part de développement expérimental pour des industriels, une part de prototypage pour des PME. Dans ce cas, la stratégie est claire : viser l’agrément CIR, qui couvre les deux besoins. Le dossier est plus exigeant — moyens humains, moyens matériels, description d’opérations de recherche avec état de l’art et verrou technique —, mais il est aussi le seul qui vous ouvre l’intégralité du marché. Notre guide sur ce que le ministère regarde dans un dossier d’agrément détaille les quatre blocs à préparer.

Si le dossier CIR n’est pas mûr cette année, l’agrément CII seul est une étape honorable, valable cinq ans, qui sécurise déjà vos clients PME. Rien n’interdit de basculer ensuite vers le CIR, quand l’historique d’opérations de recherche sera constitué.

Passez à l’action

Prenez vingt minutes et répondez aux quatre questions de la règle de décision, avec vos trois derniers contrats sous les yeux. Le choix se déduit presque toujours de cet exercice — et il vaut mieux le faire en octobre, quand les deux fenêtres de dépôt sont encore devant vous, qu’en avril quand elles sont refermées. Statut du dispositif, démarches, questions fréquentes et ebook offert : tout est réuni sur notre page dédiée à l’agrément CIR-CII. Et pour situer ce dispositif parmi les autres reconnaissances françaises, parcourez le panorama des certifications et agréments.